Официально театр был основан в июле 1993 года. Однако сами "фоменки" ведут отсчет своей биографии с июля 1988 года. Тогда Петр Наумович Фоменко набрал группу студентов в свою учебную мастерскую на режиссерском факультете ГИТИСа. Именно выпускники этой мастерской Фоменко составили костяк молодого театра, который еще дважды пополнялся его учениками. Даже после безвременного ухода мастера 9 августа 2012 театр "Мастерская Петра Фоменко" остается одним из самых востребованных и популярных. Сейчас его возглавляет Евгений Каменькович.
Приобрести билеты на многие спектакли мастерской возможно лишь по предварительной записи в лист ожидания на сайте театра. Причем, ожидание может затянуться на месяцы и даже годы.

Театр имеет 2 сцены: старую и новую. Здания расположены друг напротив друга.

За годы существования театром создано более 30 спектаклей. Среди них замечательные, и особенно полезные подросткам постановки по произведениям, включенным в школьную программу. Прежде всего, это постановки Петра Наумовича Фоменко: "Волки и овцы" А. Н. Островского (1992), "Война и мир. Начало романа" Л.Н. Толстого (2001), "Он был титулярный советник" по "Запискам сумасшедшего" Н. В. Гоголя (2004), "Три сестры" А. П. Чехова (2004), "Бесприданница" А. Н. Островского (2007), "Триптих" по произведениям А. С. Пушкина (2009), и другие. С 2010 года в театре идет полный удивительных режиссерских находок спектакль Ивана Поповски "Алиса в Зазеркалье" по Люсу Кэроллу, ориентированный на детей от 7 лет.

Кутузовский пр-т, 30/32 (старое здание) и набережная Тараса Шевченко, д. 29 (новое здание)