Первый в мире профессиональный музыкальный театр для детей был открыт в Москве по инициативе народной артистки СССР, лауреата Государственной премии СССР Натальи Ильиничны Сац. 21 ноября 1965 года на сцене Московского театра эстрады состоялась премьера оперы М. Красева "Морозко", ознаменовавшая собой День рождения Музыкального театра. Репертуар театра рассчитан на разные возрастные группы: от малышей 5-6 лет до подростков.

В конце 1979 года в Международный год ребёнка было завершено строительство и состоялось открытие уникального здания театра, увенчанного скульптурой Синей птицы. В театре - просторные вестибюли с диванчиками, ажурные мостики над фойе, откуда ребят приветствуют герои их любимых сказок - Красная Шапочка, Колобок, Буратино... С самых первых минут сама атмосфера театра призвана погружать ребёнка в мир гармонии, настраивать его на восприятие музыкального спектакля.

Поднявшись по мраморной лестнице в вольер для птиц, можно послушать веселое щебетанье канареек, попугаев. В верхнем фойе — просторный зал со скульптурами Леля, играющего на дудочке, Бояна, перебирающего струны гуслей и Орфея с кифарой. А рядом неповторимая "гигантская Палехская шкатулка" — нигде в мире нет подобных панно в рост человека. Эта комната с секретом — она музыкальная. 

Малыши, которым еще трудно до конца досмотреть спектакль, могут поиграть с педагогами театра, послушать сказки и даже поучаствовать в оркестре музыкальных игрушек.

В июне 2012 года открылась после реконструкции Малая сцена театра. Сцена сделана как трансформер. Она состоит из нескольких кубов, которые можно выставлять по любому замыслу художника или постановщика.

Одной из важных задач театра с первых дней его существования является стимулирование и развитие творческого начала самих детей. В 2010 году при театре была открыта детская студия.